e-COL+

Crustacé amphipode (Epiméria sp.)

e-COL+ : Numériser et partager les collections naturalistes françaises

Le projet e-COL+ a pour objectif de numériser en 3D une multitude de spécimens zoologiques afin de refléter la diversité taxinomique des métazoaires, actuels et fossiles, présents dans les collections naturalistes françaises.  

Ce programme mobilise des technologies de pointe (micro-tomographie aux rayons X, photogrammétrie, scan laser ou lumière structurée, développement d’outils d’Intelligence Artificielle) et s’inscrit dans une dynamique de science ouverte : le catalogue 3D produit sera librement accessible et réutilisable. 

Lancé en novembre 2021, ce programme du 3ᵉ Plan d’Investissement d’Avenir (Equipex+), soutenu par l’Agence nationale de la recherche (ANR), s’inscrit dans le cadre de France 2030 et se déploie jusqu’en 2029. 

 

Pourquoi numériser les collections ? 

Les collections naturalistes sont un patrimoine scientifique et culturel unique. En les numérisant en 3D, e-COL+ permet : 

  • De mieux étudier la biodiversité, vivante et fossile ; 
  • De préserver et valoriser les spécimens rares ou fragiles ; 
  • De faciliter l’accès aux données pour les chercheurs, enseignants, artistes ou amateurs éclairés.
 

Une infrastructure nationale au service de la recherche 

Piloté par le Muséum national d’Histoire naturelle, e-COL+ fédère 10 établissements partenaires à l’échelle nationale, en synergie avec Récolnat et les infrastructures du numérique scientifique. 

Le projet repose sur : 

  • La mise en place de filières de numérisation 3D via l’achat d’équipements de pointe ; 
  • Le développement d’outils d’annotation assistée par IA ; 
  • L’organisation du stockage, de l’archivage des données, ainsi que de leur diffusion. 
 

Les chiffres clés

19 499

Numérisations

11 216

Spécimens

7 932

Spécimens Types

Historique

2008

La numérisation 2D à grande échelle des collections naturalistes est lancée avec celles de l’herbier de Paris : 

Environ 5,4 millions de parts d'herbier ont été numérisées (soit près de 90 % des plantes vasculaires)

2008
2012

Le PIA2 finance e-Recolnat qui fédère une quinzaine de partenaires pour créer une plateforme unique de plus de 10–11 millions d’images et données de collections naturalistes.

2012
2010 - 2020

De nombreux établissements se dotent d’équipements adaptés à la numérisation 3D (micro-tomographes de paillasse, scanners surfaciques, station de photogrammétrie, pateformes de numérisation 3D). 

2010 -2020
2016

Numérisation intégrale des galeries d’anatomie comparée et de paléontologie du MNHN réalisé avec l’ONG Global Digital Heritage.

2016
2021

Le PIA3 finance le projet e-COL+ de valorisation des collections naturalistes par la numérisation 3D

Les partenaires nationaux se mettent en ordre de marche pour lancer le montage des outils de production et de gestion des données 3D.

2021
2024

Développement d’outils d’intelligence artificielle pour l’imagerie 2D et 3D pour les projets Récolnat et e-COL+.

Les filières de numérisation se structurent pour numériser en 3D de nombreux spécimens des collections naturalistes françaises.

2024
2025

Le projet e-COL+ est à mi-parcours. En juin, 20 000 numérisations ont été réalisées depuis le début du projet.

2025

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