e-COL+

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Crustacé amphipode (Epiméria sp.)

Numérisation 3D

La numérisation 3D des collections naturalistes a connu un essor considérable au cours des dix dernières années, portée par des initiatives nationales et internationales visant à produire et diffuser massivement des données anatomiques haute résolution. Le projet e-COL+, inscrit dans le cadre du Réseau national des collections naturalistes (Récolnat), s’inscrit pleinement dans cette dynamique. 

Son ambition est de produire plusieurs dizaines de milliers de modèles 3D en huit ans à partir de spécimens actuels et fossiles de métazoaires, conservés dans les muséums et universités françaises.  

Deux techniques principales sont mobilisées selon la nature et la taille des spécimens :  

  • la numérisation surfacique (photogrammétrie, scan 3D) 
  • la tomographie (micro-CT, synchrotron).  

 

Séance de numérisation surfacique avec le scanner Artec Eva par Nicolas Rinder, UCBL - @Simon_Bianchetti
Exemples de modèles 3D issus de scans surfaciques de squelettes montés d’oiseaux des collections du MNHN – Delphine Brabant
Exemples de modèles 3D issus de CT-scans de poissons des collections du MNHN – Evariste Monvoisin, Killian Leblanc, Morgan Proust

Les modèles 3D ainsi générés – accompagnés des données brutes et des métadonnées – viendront enrichir le portail Récolnat, aujourd’hui centré sur l’imagerie 2D (près de 11 millions d’images issues de plus de 80 institutions en France métropolitaine et en Outre-mer). 

Etapes de numérisation d'un crane des collections du MNHN de l'acquisition au CT-scan à la reconstruction à partir des radios en rayons X @Pauline_Provini
Vue d'un maillage 3D d'un poisson d'eau douce issus de la famille des Cyprinidése (Barbus petitjeani) acquis par microtomographie à rayon X
Vue d'un maillage 3D d'une espèce de rongeurs de la famille des Muridae (Apodemus sylvaticus) acquis par microtomographie à rayon X

Pour atteindre cet objectif, le projet s’appuie sur une chaîne de production mixte, combinant des plateformes internes (au MNHN, à l’Université Bourgogne Europe, à l’Université Claude Bernard Lyon et à l’Université de Montpellier) et des prestataires externes spécialisés : 

  • Novitom (Grenoble), réalise des acquisitions synchrotron de résolution au synchrotron européen (ligne BM05 et BM18 de l’ESRF), avec une une taille de voxel comprise entre 1 µm et 6 µm pour des spécimens de 1 à 15 mm de longueur, principalement des arthropodes (1 500 spécimens prévus).

 

  • RX Solutions (Annecy) prend en charge la numérisation de spécimens de vertébrés et d’arthropodes dans une gamme de volumes intermédiaires à grande (15–300 mm), améliorant ainsi la capacité de production interne (1 000 spécimens). 

 

Le catalogue numérique ainsi constitué répond aux besoins croissants de la recherche en anatomie comparée, systématique, biomécanique, biomimétisme ou conservation, tout en étant également valorisable pour l’enseignement et la médiation scientifique. Intégré à une infrastructure ouverte, interopérable et nationale, ce corpus virtuel constituera un référentiel unique pour explorer la diversité morphologique du vivant, actuel et passé, et alimenter des approches innovantes dans des domaines aussi variés que la robotique, l’architecture, la bioinspiration ou encore l’évaluation des impacts du changement climatique.